Θρακιώτης στην καταγωγή έκανε γνωστή την μουσική της πατρίδας του σε όλη την Ελλάδα, αρχικά μέσα από τις ραδιοφωνικές του εκπομπές και στην συνέχεια μέσα από την δισκογραφία και τις συναυλίες.
Ο Πολυχρόνης Αηδονίδης γεννήθηκε στις 23 Δεκεμβρίου 1928, στην Καρωτή, ένα χωριό κοντά στο Διδυμότειχο. Γιος του δάσκαλου και ιερέα Χρήστου Αηδονίδη και της Χρυσάνθης Αηδονίδη,ήταν το δεύτερο από τα πέντε παιδιά της οικογένειας. Πέρασε τα παιδικά και εφηβικά του χρόνια στο χωριό του, όπου έμαθε τα πρώτα του τραγούδια και μυήθηκε στον κόσμο της παραδοσιακής μουσικής, πρώτα από τη μητέρα του, που γνώριζε τα περισσότερα τραγούδια της Θράκης κι έπειτα απ’ τους πλανόδιους μουσικούς που έπαιζαν στα πανηγύρια του χωριού.
Μαθητής του δημοτικού ακόμα, διδάχτηκε βυζαντινή μουσική, από τον πατέρα του και άρχσε να ψέλνει στην εκκλησία της Καρωτής. Συστηματικά διδάχτηκε την βυζαντινή μουσική στα γυμνασιακά του χρόνια στο Διδυμότειχο από τον πρωτοψάλτη Μιχάλη Κεφαλοκόπτη. Όταν τελείωσε το οκτατάξιο Γυμνάσιο, διορίστηκε ως κοινοτικός δάσκαλος σε ένα χωριό της ελληνοβουλγαρικής μεθορίου, τα Πετρωτά.
Το 1950 εγκαταστάθηκε με τους γονείς του στην Αθήνα, όπου συνέχισε και ολοκλήρωσε τις σπουδές του στη βυζαντινή μουσική, στο Ελληνικό Ωδείο, κοντά στο μεγάλο δάσκαλο Θεόδωρο Χατζηθεοδώρου. Το Μάρτιο του ίδιου χρόνου, προσελήφθη στο Σισμανόγλειο Νοσοκομείο, όπου εργάστηκε ως λογιστής, μέχρι το 1988, οπότε και συνταξιοδοτήθηκε.
Το 1953 ήταν μια καθοριστική χρονιά για την καλλιτεχνική του πορεία. Ο γυμνασιάρχης και λαογράφος Πολύδωρος Παπαχριστοδούλου θα τον αναζητήσει και θα του προτείνει να συμμετάσχει σε μια εκπομπή που ετοίμαζε στο κρατικό ραδιόφωνο (ΕΙΡ) με τίτλο«Θρακικοί Αντίλαλοι». Στην αρχή ο Αηδονίδης δίστασε, λέγοντάς του: «Με συγχωρείτε πολύ. Τα τραγούδια αυτά τα ξέρω, τα αγαπώ, αλλά…ντρέπομαι να τα πω. Θα με κοροϊδεύουν». Τελικά όμως με τις συμβουλές και τις παραινέσεις του Παπαχριστοδούλου θα λάβει μέρος σε αυτήν την προσπάθεια προβολής και διάδοσης της παραδοσιακής μας μουσικής.
Παράλληλα συμμετείχε ως μονωδός στη Χορωδία του Παντελή Καβακόπουλου και αργότερα συνεργάστηκε για πολλά χρόνια με την χορωδία του Σίμωνος Καρρά. Το 1957, άρχισε να παρουσιάζει την δική του εβδομαδιαία εκπομπή στο κρατικό ραδιόφωνο, προβάλλοντας το μουσικό θησαυρό της Θράκης. Ήταν η πρώτη φορά που τα Θρακιώτικα τραγούδια ακούγονταν σε όλες τις περιοχές της Ελλάδας.
Ο Χρόνης Αηδονίδης έγινε ευρύτερα γνωστός την δεκαετία του ’90 μέσα από την δισκογραφία και τις συναυλίες του τόσο εντός όσο και εκτός των ελληνικών συνόρων. Σημαντικό βήμα στην καλλιτεχνική του διαδρομή ήταν η συνεργασία του με τον Γιώργο Νταλάρα, στο δίσκο «Τ’ Αηδόνια της Ανατολής», τον Μάρτιο του 1990. Οι παραδοσιακοί ήχοι άγγιξαν και ένα κοινό που έως τότε δεν είχε ασχοληθεί με το είδος αυτό. Ακολούθησαν συναυλίες, με μεγάλη απήχηση, όπως εκείνη της παρουσίασης του δίσκου αυτού στο Λυκαβηττό.
Η επιτυχία θα συνεχιστεί με μία ακόμη σημαντική κυκλοφορία των Πανεπιστημιακών Εκδόσεων Κρήτης, το 1993. Ο διπλός δίσκος «Τραγούδια και σκοποί της Θράκης», συνοδευόμενος από ένα πλούσιο λαογραφικό υλικό και με τραγούδια αποκλειστικά ερμηνευμένα από το Χρόνη Αηδονίδη, θα συναγωνιστεί σε πωλήσεις και απήχηση «Τ’ Αηδόνια της Ανατολής».
Την Πρωτοχρονιά του 2000, σε ένα παγκόσμιο τηλεοπτικό εορταστικό πρόγραμμα για την υποδοχή της νέας χιλιετίας, κάθε χώρα ανέλαβε να μεταδώσει, μέσω δορυφορικής σύνδεσης, ένα τραγούδι, για να καλωσορίσει το νέο αιώνα. Η Ελλάδα καλωσόρισε την ανατολή του 2000 από το Σούνιο, με τη φωνή του Χρόνη Αηδονίδη στα τραγούδια «Να ‘μαν πουλί να πέταγα» και «Βασίλεψεν Αυγερινός». Το βίντεο-κλιπ επιμελήθηκε ο σκηνοθέτης Παντελής Βούλγαρης.
Το 2001 ένα ακόμα σημαντικό βήμα θα φέρει το Χρόνη Αηδονίδη και πάλι στο προσκήνιο. Η συνεργασία του με τον Νίκο Κυπουργό, στο δίσκο «Τα μυστικά του Κήπου» θα ξαφνιάσει. Ένα νανούρισμα (το «Βλέφαρό μου»), σε στίχους της Λίνας Νικολακοπούλου, με ήχο παραδοσιακό αλλά και τη φρεσκάδα της πνοής της εποχής μας, θα κλέψει την παράσταση και θα αγαπηθεί από το κοινό.
Το 2003, άλλη μια ιδιαίτερη συνεργασία, που κάνει αίσθηση, θα προστεθεί στο ενεργητικό του, με το δίσκο «Στης καρδιάς μου τ’ ανοιχτά», στην οποία θα συναντήσει τις μελωδίες του Παντελή Θαλασσινού σε δύο τραγούδια των Ηλία Κατσούλη («Αχ κορμί ζωγραφιστό μου») και Χρυσόστομου Γελαγώτη («Κατερίνα Καρδερίνα»).
Το 2004, με τον διπλό διπλό «Όταν οι δρόμοι συναντιούνται», ηχογραφεί για πρώτη φορά, μαζί με τη μαθήτριά του Νεκταρία Καραντζή, βυζαντινούς ύμνους. Παρότι ξεκίνησε το δρόμο της μουσικής από ψάλτης, ήταν η πρώτη φορά, με τον δίσκο αυτό, που παρέδωσε στη δισκογραφία δείγμα των εξαιρετικών ικανοτήτων και στο χώρο της Βυζαντινής Μουσικής.
Ο Χρόνης Αηδονίδης συνέχισε να προσφέρει στην παραδοσιακή μουσική του τόπου μας μεταφέροντας στις επόμενες γενιές τις μουσικές του εμπειρίες. Δίδαξε παραδοσιακό τραγούδι στην Αλεξανδρούπολη (στο «Εργαστήρι παραδοσιακής μουσικής», το οποίο ο ίδιος έχει ιδρύσει) και στην Αθήνα, (στο Χαλάνδρι, στο Ίδρυμα Ζήση). Είναι επίσης ιδρυτικό μέλος του «Αρχείου Ελληνικής Μουσικής», το οποίο έχει να επιδείξει μια πλούσια δραστηριότητα στο χώρο της λαογραφίας, με πολύ προσεγμένες εκδόσεις βιβλίων και δίσκους από όλες τις περιοχές της Ελλάδας.
Ο Χρόνης Αηδονίδης έχει αφήσει το δικό του στίγμα στο χώρο της παραδοσιακής μουσικής. Οι σπάνιες ερμηνευτικές του ικανότητες, οι ιδιαίτεροι λαρυγγισμοί της βελούδινης φωνής του, το δημιουργικό του πνεύμα που τον οδήγησε να συνθέσει ξεχωριστές μελωδίες, είναι κάποια από τα χαρακτηριστικά που τον κάνουν να ξεχωρίζει και να θεωρείται σήμερα ως ο σημαντικότερος εκπρόσωπος της παραδoσιακής μας μουσικής και ως ο άνθρωπος που κατόρθωσε να βγάλει το παραδοσιακό τραγούδι από την αφάνεια και να το φέρει στο Ηρώδειο και το Μέγαρο Μουσικής.