Το πλούσιο και ευρύ έργο του εκτείνεται σε ποικίλα είδη του λόγου (ποίηση, διήγημα, θέατρο, κριτική, χρονογράφημα και ταξιδιωτικά κείμενα). Τον χαρακτήρισαν «πρίγκιπα του νεοελληνικού λόγου».
Γεννήθηκε στο Καρπενήσι στις 3 Φεβρουαρίου 1877, τελείωσε το Γυμνάσιο και γράφτηκε στην ιατρική την οποία δεν τελείωσε ποτέ γιατί τον είχε απορροφήσει η δημοσιογραφία.
Από το 1893 συνεργάζεται με την Ακρόπολη του Βασίλη Γαβριηλίδη και παίζει ως ερασιτέχνης ηθοποιός στο θέατρο Αθήναιον. Δημοσιεύει το πρώτο του διήγημα “O ΨΩΜΑΣ” και δημοσιογραφεί σε διάφορες εφημερίδες. Παράλληλα Σπουδάζει ζωγραφική. Το 1897 συγκλονίζεται από την Ελληνική ήττα και γράφει τα ΠΟΛΕΜΙΚΑ ΤΡΑΓΟΥΔΙΑ. Τρία χρόνια αργότερα γίνεται αρχισυντάκτης στο “ΣΚΡΙΠ”μέχρι το 1905. Παράλληλα ο αδελφός του ο Θανάσης παρουσιάζει έντονα ψυχολογικά προβλήματα. Το 1906 δημοσιογραφεί στο ΧΡΟΝΟ και στο “ΜΠΡΟΣ.
To 1908 γίνεται ανταποκριτής της εφημερίδας ΕΜΠΡΟΣ στο Παρίσι. Πολύ σύντομα όμως ο Διευθυντής του σταμάτησε να τον πληρώνει, λόγω οικονομικών προβλημάτων. Εκείνος απαγοητεύεται και αρρωσταίνει αλλά ευτυχώς τον συντηρούσε ο Σωτήρης Σκύπης. Την εποχή αυτή έστελνε τα “Παρισινά Γράμματα” που αξιολογήθηκαν πολύ σπουδαία. Γυρίζοντας από το Παρίσι το 1911, συνδέεται μετά ένα χρόνο με τον Ελευθέριο Βενιζέλο μέσω του Στέφανου Γρανίτσα και διορίζεται νομάρχης. Το 1914 ως νομάρχης Μεσσηνίας βραβεύεται σε κρατικό διαγωνισμό ποίησης. Όταν ήταν νομάρχης Λακωνίας το 1916, απαγόρευσε το ανάθεμα των ιερωμένων κατά του Ελευθερίου Βενιζέλου και παραπέμπεται σε δίκη. Την επομένη χρονιά (1917) πεθαίνει ο πατέρας του, αν και πολλοί είπαν ότι αυτοκτόνησε.
Το 1918 κυκλοφορούν τα ΨΗΛΑ ΒΟΥΝΑ και ο ίδιος διορίζεται διευθυντής στην Εθνική Πινακοθήκη. Την επόμενη χρονιά αυτοκτονεί ο αδελφός του ο Θανάσης και ο ίδιος συμμετέχει στη συγγραφή του βιβλίου ΑΛΦΑΒΗΤΑΡΙ ΜΕ ΤΟΝ ΗΛΙΟ. Ακολουθεί η έκδοση της ποιητικής του συλλογής ΤΑ ΧΕΛΙΔΟΝΙΑ αφιερωμένη στη μνήμη του αδελφού του. Στις εκλογές της ίδιας χρονιάς επικράτησαν οι αντιβενιζελικοί και στην Πλατεία Συντάγματος καίγονται τα “ΨΗΛΑ ΒΟΥΝΑ” ως αντεθνικά και αντιθρησκευτικά. Το 1923 κυκλοφόρησαν οι “ΠΕΖΟΙ ΡΥΘΜΟΙ” και του απονέμεται το Εθνικό Αριστείο Γραμμάτων και Τεχνών. Ακολουθεί η κυκλοφορία των ΔΙΗΓΗΜΑΤΩΝ και το ανέβασμα στη σκηνή του Κοτοπούλη, του θεατρικού του έργου Ο ΟΡΚΟΣ ΤΟΥ ΠΕΘΑΜΕΝΟΥ το οποίο σημείωσε παταγώδη αποτυχία. Επανέρχεται ο Βενιζέλος και ξαναγυρνούν τα ΨΗΛΑ ΒΟΥΝΑ. Το 1934 πεθαίνει ο αδελφός του ο Χαρίλαος και μέχρι το 1938 που εκλέγεται ακαδημαϊκός εκδίδει τα έργα ΠΑΙΔΙΚΑ ΤΡΑΓΟΥΔΙΑ, ΘΕΙΑ ΔΩΡΑ, Ο ΟΘΩΝ ΚΑΙ Η ΡΩΜΑΙΚΗ ΔΥΝΑΣΤΕΙΑ, ΤΟ ΑΓΙΟΝ ΟΡΟΣ, ΒΥΖΑΝΤΙΝΟΣ ΟΡΘΡΟΣ, Η ΘΥΣΙΑ.
Κατά εκλογή του ως Ακαδημαϊκού εκφωνεί τον εναρκτήριο λόγο του για το Θεοτοκόπουλο στη δημοτική. Για πρώτη φορά ακούγεται στην αίθουσα του Ιδρύματος η δημοτική γλώσσα.
Απεβίωσε την 1η Φεβρουαρίου 1940, (μια μέρα πριν τα γενέθλιά του) μέσα στο τραμ, ενώ πήγαινε στην Ακαδημία, σε ηλικία 63 ετών.
Ο Ζαχαρίας Παπαντωνίου ήταν ένας ευαίσθητος, άμεσος και αληθινός άνθρωπος. Με ηθικές αξίες πραγματικά ρεαλιστικές και απόλυτα αποδεκτές από την κοινωνία, γι’ αυτό και όλα τα γραπτά του είναι διαχρονικά και αγγίζουν τις ευαισθησίες όλων των κοινωνικών στρωμάτων. Η αγάπη του προς τα φυτά, τα ζώα, τη φύση και προ παντός στα παιδιά είναι πολύ μεγάλη. Μεγάλο ευτύχημα για τα παιδιά ήταν το αναγνωστικό του τα “Ψηλά Βουνά”. Ηταν το καλύτερο και περιεκτικότερο στην ιστορία των νεοελληνικών αναγνωστικών και εξακολουθεί να είναι. Πολλές από τις εικόνες και τις σκηνές που περιγράφονται στο βιβλίο αυτό είναι βιώματά από τη ζωή του στη Γρανίτσα. Σε πολλά από τα ποιήματά του και τα έργα του αναφέρεται στη Ρούμελη και το Καρπενήσι, υμνώντας τα ψηλά βουνά και τις φυσικές τους ομορφιές για τα οποία έτρεφε κρυφή λαχτάρα.