Η Λίλη Παπαγιάννη γεννήθηκε στην Αθήνα το 1935 και σπούδασε στη Δραματική Σχολή του Θεάτρου Τέχνης. Συνεργάστηκε με πολλούς θιάσους και το 1965 συγκρότησαν με το σύζυγό της Ανδρέα Φιλιππίδη δικό τους θίασο. Αργότερα πρωταγωνίστησε για αρκετά χρόνια στο Κρατικό Θέατρο Βορείου Ελλάδος (ΚΒΘΕ) και από το 1982 έως το 1988 συνεργάστηκε με το Εθνικό Θέατρο. Αξιοπρόσεκτες ήταν και οι εμφανίσεις της σε παραστάσεις αρχαίου δράματος με το θίασο του Δημήτρη Ποταμίτη. Πρωταγωνίστησε, επίσης, σε τηλεοπτικά θεατρικά έργα.
Στον κινηματογράφο η Λίλη Παπαγιάννη πρωτοεμφανίστηκε το 1959 στην ταινία του Στέλιου Ζωγραφάκη «Νταντά με το Ζόρι» δίπλα στον Μίμη Φωτόπουλο και τη Γεωργία Βασιλειάδου. Ξεχώρισε μέσα από ρόλους που ανέδειξε με το ταλέντο και τη φινέτσα της, όπως στις ταινίες «Δεσποινίς διευθυντής» (1964), «Η χαρτοπαίχτρα» (1964), «Η δε γυνή να φοβήται τον άνδρα» (1965) και «Μια τρελή τρελή οικογένεια» (1965).
Υπήρξε συμπρωταγωνίστρια μεγάλων ονομάτων του ελληνικού κινηματογράφου, όπως η Ρένα Βλαχοπούλου, η Τζένη Καρέζη, ο Αλέκος Αλεξανδράκης, η Μάρω Κοντού, ο Λάμπρος Κωνσταντάρας, η Δέσπω Διαμαντίδου και ο Γιώργος Κωνσταντίνου. Για την ερμηνεία του ρόλου τής «Ειρήνης» στην πολυβραβευμένη ταινία του Τάκη Κανελλόπουλου «Η Εκδρομή» τιμήθηκε με το Βραβείο Καλύτερης Γυναικείας Ερμηνείας από τους κριτικούς στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου της Θεσσαλονίκης το 1966.
Η Λίλη Παπαγιάννη, που αντιμετώπιζε σοβαρά προβλήματα υγείας, απεβίωσε στις 12 Μαΐου 2015, σε ηλικία 80 ετών.