Γεννήθηκε στα Γρεβενά στις 20 Σεπτεμβρίου 1938. Σπούδασε κινηματογράφο στην Ανώτατη Σχολή Κινηματογράφου της Βιέννης και το 1965 γύρισε την πρώτη του μικρού μήκους ταινία, με τίτλο «Το δωμάτιο». Ένα χρόνο μετά υπέγραψε, σε συνεργασία με τον Βασίλη Βασιλικό, το σενάριο «Θύματα Ειρήνης», βασισμένο στο ομώνυμο βιβλίο του συγγραφέα.
Επιστρέφοντας στη Ελλάδα, εργάσθηκε ως βοηθός σκηνοθέτης στη μεγαλύτερη εταιρεία παραγωγής κινηματογραφικών ταινιών, τη Finos Film. Το 1971 υπέγραψε την πρώτη του τηλεοπτική σκηνοθεσία στη σειρά του Νίκου Φώσκολου «Ο Άγνωστος Πόλεμος», που καθήλωσε το κοινό της εποχής. Ακολούθησαν εμβληματικές τηλεοπτικές σειρές, όπως «Ο Παράξενος Ταξιδιώτης» (1972), «Οι Φρουροί της Αχαΐας» (1981), «Ο κίτρινος φάκελος» (1990), «Βαμμένα κόκκινα μαλλιά» (1992), «Πρόβα Νυφικού» (1995) και «Ματωμένα χώματα» (2008).
Το 1987 γύρισε τη μοναδική μεγάλου μήκους ταινία του «Ο Κλοιός», με θέμα την πρώτη αεροπειρατεία στην Ελλάδα το 1948. Η ταινία κέρδισε βραβεία στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου της Θεσσαλονίκης (σεναρίου, ήχου, ερμηνείας για τους έξι νέους πρωταγωνιστές και σκηνοθεσίας).
Ο Κώστας Κουστομύτης άφησε την τελευταία του πνοή στο «Σισμανόγλειο» το μεσημέρι της 10ης Μαρτίου 2016.
Τηλεοπτικές σειρές
Ο άγνωστος πόλεμος (1971, ΥΕΝΕΔ)
Παράξενος ταξιδιώτης (1972, ΕΙΡΤ)
Χωρίς ανάσα (1973, ΕΙΡΤ)
Τερέζα Βάρμα Δακόστα (1975, ΕΙΡΤ)
Εν Αθήναις (1976, ΕΡΤ)
Ένοχοι (1977, ΕΡΤ)
Το παιχνίδι (1979, ΕΡΤ)
Κόντρα στον άνεμο (1980, ΕΡΤ)
Οι φρουροί της Αχαΐας (1981, ΕΡΤ)
Ο κατάδικος (1983, ΕΡΤ)
Καπνισμένος ουρανός (1985, ΕΡΤ2)
Ένας φιλήσυχος άνθρωπος (1988, ΕΤ2)
Εκείνος κι εκείνος (1989, ΕΤ2)
Ο κίτρινος φάκελος (1990, ΑΝΤ1)
Βαμμένα κόκκινα μαλλιά (1992, ΑΝΤ1)
Η εκτέλεση (1993, ΑΝΤ1)
Το γελοίον του πράγματος (1994, ΑΝΤ1)
Η πρόβα του νυφικού (1995, ΑΝΤ1)
Η αγάπη άργησε μια μέρα (1997, ΕΤ1)
Ο μεγάλος θυμός (1998, Mega)
…ύστερα ήρθαν οι μέλισσες (2000, ΕΤ1)
Οι τρεις χήρες (2001, Alpha)
Τα παιδιά της Νιόβης (2004, ΝΕΤ)
Οι μάγισσες της Σμύρνης (2005, Mega)
Τυφλόμυγα (2007, Alpha)
Ματωμένα χώματα (2008, Alpha)
Φιλμογραφία
Ο κλοιός (1987)