Γεννήθηκε στις 2 Ιουνίου 1951 στην πόλη Τσανούτ του Κάνσας και ήταν γιος δικαστή και δασκάλας. Από το 1970 έως το 1972 υπηρέτησε τη θητεία του στον αμερικανικό στρατό και συγκεκριμένα στην περιοχή του Σαν Φρανσίσκο, σε μία εποχή που αναπτυσσόταν το κίνημα για τα δικαιώματα των ομοφυλοφίλων. Μετά την αφυπηρέτησή του έμαθε ραπτική, η οποία του χρησίμευσε στην κατασκευή πανό για τις διαδηλώσεις κατά του πολέμου στο Βιετνάμ και υπέρ των δικαιωμάτων των ομοφυλοφίλων.
Δούλεψε σε εργοστάσιο κατασκευής σημαιών, όπου σχεδίασε και κατασκεύασε την πολύχρωμη σημαία του κινήματος, η οποία αποτελείται από οκτώ οριζόντιες λωρίδες με διαφορετικό χρώμα η καθεμία και ξεχωριστό συμβολισμό. Το ροζ συμβολίζει το σεξ, το κόκκινο τη ζωή, το πορτοκαλί τη θεραπεία, το κίτρινο το φως του ήλιου, το πράσινο τη φύση, το τιρκουάζ την τέχνη, το λουλακί την αρμονία και το μoβ το πνεύμα. Η σημαία πρωτοπαρουσιάστηκε στις 25 Ιουνίου 1978, κατά τη διάρκεια της Παρέλασης των Ομοφυλοφίλων (Gay Parade) στο Σαν Φρανσίσκο κι έκτοτε υιοθετήθηκε παγκοσμίως από το κίνημα.
Το 1994 ο Γκίλμπερτ Μπέικερ, γνωστός και ως Μπάστι Ρος (Busty Ross) στον κύκλο του (αναφορά στην Μπέτσι Ρος, που σχεδίασε την πρώτη αμερικανική σημαία), εγκαταστάθηκε στη Νέα Υόρκη, όπου συνέχισε την ακτιβιστική δράση του. Την ίδια χρονιά κατασκεύασε μία σημαία μήκους περίπου 2 χιλιομέτρων και πλάτους 10 μέτρων, την οποία κρατούσαν 5.000 άτομα, με αφορμή τις εκδηλώσεις μνήμης για την 25η επέτειο από τις ταραχές του Στόνγουολ, που σηματοδότησαν την έναρξη του κινήματος των ομοφυλοφίλων. Ήταν η μεγαλύτερη σημαία που είχε παρουσιαστεί ποτέ.
Το 2003 έσπασε το δικό του παγκόσμιο ρεκόρ, δημιουργώντας μία νέα πολύχρωμη σημαία, που εκτεινόταν κατά πλάτος του Κόλπου του Μεξικού. Στη συνέχεια, με χορηγό τη βότκα Absolut, έστειλε κομμάτια της σημαίας σε περισσότερες από 100 πόλεις του κόσμου.
Ο Γκίλμπερτ Μπέικερ απεβίωσε από καρδιακό επεισόδιο, που του συνέβη κατά τη διάρκεια του ύπνου στην κατοικία του στη Νέα Υόρκη, στις 31 Μαρτίου 2017.